O Conselho Técnico e Científico - CTC/CIA, com funções consultivas e deliberativas, é composto por um representante indicado pela Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação - PROPESP e por, no mínimo, um supervisor de cada um dos equipamentos.

Seguindo a portaria 1778/2022, atualmente, o CTC/CIA é composto pelos seguintes membros: